Các bản mod đã ảnh hưởng đến trò chơi Minecraft chính theo ba cách chính. Nhà phát triển mod Tiến sĩ Zhark đã thêm ngựa vào trò chơi thông qua mod Mo 'Creatures. Sau đó, anh đã giúp Mojang điều chỉnh ngựa để sử dụng trong Minecraft phát hành tiêu chuẩn.[69][70] Pistons ban đầu cũng là một phần của một bản mod do Hippoplatimus thực hiện, nhưng đã gây ấn tượng với những người tạo ra Minecraft đến mức họ đã thêm tính năng này vào trò chơi chính.[71]

Mojang cũng thừa nhận rằng họ ngưỡng mộ tất cả công việc được thực hiện trên API Bukkit modding phía máy chủ. Vào năm 2012, công ty Thụy Điển đã kết thúc việc thuê các nhà phát triển chính của dự án.[17]

Vào năm 2019, kingbdogz, một nhà phát triển mod Minecraft, người được biết đến với việc tạo ra mod The Aether đã tuyên bố trên Twitter rằng anh ấy được Mojang thuê để làm việc với họ cho Minecraft.[72]